表达序列标签是从一个随机选择的cDNA克隆进行测序获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分，一般长200～400个核苷酸对。一个全长的cDNA分子可以有许多个EST，但特定的EST有时可以代表某个特定的cDNA分子。两端有重叠的共有序列的EST可以组装成一个叠连群，直到装配成全长的cDNA序列，这样就等于是克隆了一个基因的编码序列。将EST定位在基因组，也可作为基因组作图时的一种标记序列。