表等位基因变异是指引起形态变异的并能通过减数分裂遗传的表遗传状态改变，目前研究最多的表遗传状态改变是在基因特定序列中甲基化核苷酸的数量和分布上的改变，它对基因表达的调控至关重要，在一些植物已发现人工诱发的表等位基因变异，也可自然发生。那些在自然群体中发生的表等位基因变异可作为自然选择的原料，在进化上具有一定的意义。参见epiallele。