胞嘧啶甲基化是DNA甲基化中最常见的一种方式。发生在CpG位点（胞嘧啶—磷酸—鸟嘌呤位点），经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。胞嘧啶甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。参见DNA methylation。