交联免疫沉淀反应是用以研究RNA和蛋白质之间相互关系的技术手段。该技术可以在完整的细胞中确定与RNA结合蛋白相结合的短链RNA或miRNA诱导基因沉默复合体的结合位点并对其进行序列分析。其主要应用紫外线交联的方式将RNA结合蛋白分派至它们靶向结合的RNA序列，随后用免疫沉淀的方法将蛋白复合体纯化，从而最终确定RNA序列。该技术的优点是仅仅俘获紧密共价结合的RNA及蛋白，因此具有高度特异性。